Οι ανασκαφικές εργασίες έφεραν στο φως οικοδομικά λείψανα κτηρίων μεγαροειδούς τύπου στην θέση Κυλίνδρα, λίγο έξω από το χωριό Σαμωνάς. Το κτήριο Ι συγκροτείται από ένα τετράπλευρο σύνολο, ελεύθερο, με δικό του περίβολο, ίσως αμυντικού χαρακτήρα. Αποτελείται από 12 χώρους, με τα δωμάτια να παρατάσσονται στην σειρά στον κάθετο άξονα, πρακτική που απαντά στην μυκηναϊκή αρχιτεκτονική. Λίθινα εργαλεία που αποκαλύφθηκαν σε διάφορους χώρους του κτηρίου υποδεικνύουν την άσκηση οικοτεχνικών και βιοτεχνικών δραστηριοτήτων στο κτήριο. Ένα από τα δωμάτια λειτουργούσε ως οικιακό ιερό. Η ζωή του οικισμού τελείωσε κατά την διάρκεια της ΥΜ ΙΙΙΒ (1300-1200 π.Χ.), όταν τεκμηριώνονται καταστροφές και εγκαταλείψεις οικισμών και νεκροταφείων.

Μυκηναϊκά αρχιτεκτονικά κατάλοιπα εντοπίζονται στο νησί κατά τους τελευταίους ανακτορικούς και μετανακτορικούς χρόνους (π.1450- 1100 π.Χ.) που ακολουθούν την τυπολογία των θέσεων της ηπειρωτικής Ελλάδας. Μεγαροειδείς κατασκευές εντοπίζονται συχνά από το 1200 κ.ε. που συνήθως αποτελούνται από ένα ή δύο ή σπανιότερα τρία δωμάτια.

Κατά την τελευταία ανακτορική περίοδο (1450-1380 π.Χ.) το μοναδικό ανάκτορο στην Κρήτη με σημαντική επικράτεια ήταν της Κνωσσού. Ο βασιλιάς της Κνωσσού ήταν Μυκηναίος, όπως και η τάξη πολεμιστών αριστοκρατών που τον περιέβαλε. Την περίοδο αυτή η γλώσσα της διοίκησης ήταν η ελληνική, όπως μαρτυρούν οι πινακίδες Γραμμικής Β. Περίπου από το 1380 π.Χ. (τέλος ΥΜ ΙΙΙ Α1/αρχή ΥΜ ΙΙΙ Α2) εντοπίζονται τα αρχαιότερα κατάλοιπα παρουσίας Μυκηναίων στην Δυτική Κρήτη, όπου οι μυκηναϊκές επιδράσεις απαντούν εντονότερες σε σχέση με το υπόλοιπο νησί.

Κατά την επόμενη περίοδο επικρατούν οι αυτόνομες ηγεμονίες, όπως αυτή της Κυδωνίας στον λόφο Καστέλι στην πόλη των Χανίων.
Οι σχέσεις των Μυκηναίων με τους Μινωίτες αντικατοπτρίζονται στην παράδοση που υποστηρίζει ότι η μητέρα του βασιλιά Αγαμέμνονα ήταν Κρητικιά πριγκίπισσα.