Στο κέντρο του χωριού των Καλυβών, πάνω από τον ποταμό σώζεται ο νερόμυλος του χωριού. Χρονολογείται στο β΄ μισό του 16ου αι. Στην σημερινή του μορφή έχει δεχτεί πολλές προσθήκες, ωστόσο είναι ορατός ο αρχικός πυρήνας της περιόδου της Βενετοκρατίας. Πρόκειται για θολωτό κτήριο κατασκευασμένο με λίθους και ισχυρό κονίαμα. Στον χώρο αυτό τοποθετούνταν οι μηχανισμοί του μύλου. Τέσσερις από τις καμάρες για την έξοδο του νερού διατηρούνται μέχρι και σήμερα.

Πρόκειται για ένα σημαντικό έργο υποδομής της ύστερης Βενετοκρατίας, το οποίο προσέφερε ανάπτυξη στην περιοχή και κατά τους νεότερους χρόνους. Εκτός από νερόμυλος σιτηρών λειτούργησε ως ελαιοτριβείο, ως μηχανοκίνητος μύλος σιτηρών και ως υδροηλεκτρική παραγωγική μονάδα. Αποτέλεσε την πρώτη υδροηλεκτρική μονάδα που λειτούργησε στον νομό Χανίων και πιθανόν στην Κρήτη (1928). Τροφοδοτούσε με ρεύμα τον οικισμό Καλύβες και το γειτονικό φρούριο Ιτζεδίν κατά τους χρόνους λειτουργίας του ως φυλακής.

Ο νερόμυλος των Καλυβών αξιοποιούσε το νερό του Μεσοποτάμου. Ανήκει στον ελληνικό ή ανατολικό τύπο, καθώς φέρει οριζόντιο υδατοτροχό, που συνδέεται με την μυλόπετρα με κατακόρυφο άξονα. Ο νερόμυλος έφερε τέσσερεις υδατοτροχούς (φτερωτές) και αντίστοιχα ζεύγη μυλόπετρων. Κατά την λειτουργία του το νερό έπεφτε ορμητικά στον ξύλινο υδατοτροχό και προκαλούσε την περιστροφή του γύρω από τον άξονα του. Έτσι κινούνταν ο αλεστικός μηχανισμός. Ο τελευταίος αποτελούνταν από δύο μυλόπετρες, με την κάτω να παραμένει σταθερή και την άνω να συνδέεται με τον άξονα του υδατοτροχού και να κινείται. Ο μηχανισμός είχε τιμόνι που επέτρεπε τον καθορισμό του πάχους της άλεσης.

Οι περισσότεροι νερόμυλοι της Κρήτης ήταν «μονόφθαλμοι», δηλαδή είχαν μία είσοδο για το νερό. Ωστόσο στην δυτική Κρήτη και ιδιαίτερα στην περιοχή του Αποκόρωνα σώζονται μύλοι με περισσότερες εισόδους νερού, τοποθετημένες η μία δίπλα στην άλλη και ισάριθμους μηχανισμούς άλεσης.

Λόγω του μεγέθους του ο νερόμυλος αποδίδεται σε χάρτη της παράλιας ζώνης του Αποκόρωνα, όπου εικονίζεται και το ομώνυμο φρούριο (Castel Apicorno) του Βενετού μηχανικού και χαρτογράφου Francesco Basilicata (1618), καθώς και σε αρκετούς άλλους χάρτες της Βενετοκρατίας.